下田を発った駕籠は江戸に付き、松陰・重輔は小伝馬町の獄に入れられる。
その後、両人と密航を示唆した佐久間象山はいずれも国許にて蟄居となった。
重輔は既に入獄中に腸を病んで駕籠が萩についた時は半死半生の状態で安政2年正月、岩倉獄で亡くなる。
松陰は野山獄に収容され、翌安政2年12月に仮出獄を許され、杉家に蟄居となる。蟄居の身であるため、外出
はもちろん家族以外の面会もできなかった。松陰は師でもあった、叔父、玉木文之進の志を継いで、この塾を
松下村塾とした。

松陰の叔父玉木文之進が天保13年(1842)寺子屋を開いて松下村塾の看板をかけたのが村塾の名
の起こりである。松陰は安政2年(1855)に出獄してから安政4年(1857)まで杉家で子弟教育した。
八畳一間の塾舎が完成、松陰はこの時から塾に起居し塾生に対し子弟同行の実際教育を指導した。
松陰が名実共に公に認められたのは安政5年(1858)7月藩主より家学の教授を許可され、同年12月
安政の大獄に連座し、投獄される五カ月の間のことである。
松下村塾の子弟はおおよそ80数名で、久坂玄端、高杉晋作、前原一誠、伊藤博文木戸孝充、山形
有朋、品川弥二郎、など近代日本の原動力となった多くの逸材を輩出している。
・・・以上は松陰神社の案内板より。

幕府は間部(まなべ)老中を上洛させ事態の収拾を図るが、松陰は自ら勤皇の先達として同士を率い京都に登って間部老中
を討ち果たし、長州藩の魁を果たしたいと藩に申し出る。
同志と鉄砲等の訓練も始める。
そんな無謀な計画を実行されては大変なことになると長州藩幹部は判断し、松陰は3年振りに藩に呼び出され再び野山獄に
収監される。松下村熟は閉鎖され150人の門弟は去った。松陰が最も信頼を寄せていた久坂、高杉も松陰の元を離れた。
・『安政の大獄』が長州に及ぶころ松陰は江戸送りになる。

(明治15年長州藩士吉田松陰の霊をまつる。松陰神社である。
この地は長州藩主毛利大膳太夫の抱え屋敷であったので俗に太夫山とも言われる。
松下尊塾は山口県萩の松陰神社境内に保存されている松下村塾を模した物である。)

安政5年4月井伊直弼大老となり、強引に通商条約調印し、たちまち全国尊攘派の強い反発が起きる。
これに対しては井伊大老は世に言う「安政の大獄」として益々鮮烈な弾圧をもって当たる。

この間、松陰は梅田雲浜など書面でやりとりし、勤皇運動に目が開かれ、倒幕運動に傾斜していく。
安政5年7月上述の通り、松陰は藩から家学教授を許される。
「学問を学び、知識を広げるだけでは意味がない。それが学ぶ人の人格を高め、更に行動に移さねばならない」松下村塾
の塾生達は次々に江戸、京都へ散っていった。