慶応3年(1867)3月、孝明天皇の死去を契機に天皇の陸募を守衛する「御陵衛士」として、薩摩の支援も
あって勤皇主義の伊東以下が新選組から分離する。
この分離時に、密命を帯びた間者として斉藤一は御陵衛士の伊東に同行する。
伊東らは九州諸藩に1カ月以上行き、討幕活動を行う旨、御陵衛士の理解を求める過程で正式拝命された。
伊東らが「御陵衛士」として新選組から分離するさいの約定は新選組から御陵衛士へ、また、その逆の入隊
は許可しない、ことをお互いに決めた。
同年6月薩摩の支援から御陵衛士は高台寺の塔　頭(たっちゅう)　月真院に屯所を移す。

禁門の変で新選組の名が全国に鳴り響いた。
隊士募集で江戸に帰った近藤は尊皇攘夷で北辰一刀流の剣客であった伊東甲子太郎ら7名を新選組に
入隊させる。
新選組は幕府維持の親幕派の尊皇攘夷であったが、伊東甲子太郎は同じ尊皇攘夷であったが、幕府体
制を変革し朝廷主導の反幕派であった。
伊東は新選組の大幹部の参謀に抜擢され、隊内に尊攘思想を浸透させ、次第に討幕色を強め、新撰組
を尊攘倒幕派の拠点にしようと、言い出した。
伊東を警戒していた土方歳三は近藤に排除を勧める。折しも新選組が驀臣の取り立てを尊皇の立場から
猛烈に反対する。