薩摩藩はこのようにして小三郎を自藩の兵学教授として招きながら、藩の意向を真っ向から背く「危険な人物」として考え、
たちまち世の中からも抹殺してしまう人物に仕立て上げてしまう。
小三郎の評判が高くなるにつれて他藩はもちろんのこと、幕府や会津藩までもが小三郎を招こうとするに及んで、薩摩藩
は警戒心を強めた。
王政復古で、幕府の権力強化が小三郎の力が生かされては困る。
慶応３年(1867)９月３日、赤松小三郎は上田藩からの帰国命令を受けて帰藩することになった。その前日の２日の夜に薩摩
藩の門下生の有志が集まって、送別会が開かれた。９月３日、小三郎は京都市内で知人に帰国の挨拶をして回っているとき
に白昼暗殺された。こうして時代を先読みした逸材も一藩の身勝手な理由で小三郎を消してしまった。下手人は明治時代に
なっても判らず、昭和になって明らかになった。

昭和44年（1967）12月「桐野利秋」こと、薩摩藩士の中村半次郎は日記に赤松小三郎を同僚と２人で暗殺したということ
を書いている。暗殺した理由は、赤松小三郎は「佐幕派」であるというものである。
桐野利秋と言えば、前名を中村半次郎と言い、「人斬り半次郎」という異名を持つ人物として非常に有名である。しかし斬
ったのは小三郎のみであり、実像とは大きくかけ離れた虚像が一人歩きし、彼の評価を歪めている。
半次郎は会津攻防戦のおり、降伏した会津藩に政府代表としてなっている。半次郎は藩主の松平容保への接し方も礼を
尽くし、きわめて温情的であったといわれている。松平容保は半次郎の温情的な戦後処理に感激し秘蔵の刀を半次郎に
贈っている。
このような半次郎が、考え方の差から自らの意志で恩師に刃を向け小三郎を斬ってしまうことは考えにくい。倒幕の意志
に傾注する藩の意志に背くことは出来ず、その藩命から凶刃を振るったのではなかろうか・・・。その子細については、封
印し、昭和になってから日記では赤松小三郎殺害の事実のみを告げている。
当時の事件に関し、以下のことが明らかにされている。
悪者を斬り殺すと理由を書いた斬奸状を２種類書いて市中に貼り出している。
葬儀に当って１５０両もの高額な弔慰金を贈り、兵学塾の門下生全員が葬儀に出席している。
慶応３年１２月に旧幕府軍側の会津藩の本陣である、京都金成光明寺に小三郎の墓と碑を建立しているのも異質である。
などなど、明らかに組織的な事件であったことが判る。