小三郎は更に自己研鑽を怠らず、学習に励み、長崎にいた４年間でオランダ語の原書を７４冊も読破し、一緒に
参加している伝習生のためにテキストの翻訳までやっている。
こうして、当時の勝海舟も含めた伝習生の学習は小三郎に支援されていたが、伝習生時代の小三郎が表舞台に出
る事もなかった。
信州上田の一藩士の小三郎は、幕府は蘭学に対して冷酷であった時代背景が冷めやらぬ時代に、江戸に出て蘭語、
英語をマスターし、オランダ人や英国人と自由に意思疎通が出来た希少な存在であったと伺える。

慶応元年(1865)第二次長州征伐には幕府の総力を上げ、長州鎮撫に動員され、上田藩も藩主松平忠札(ただなり)も江
戸から従軍したが、将軍家茂が大阪城中で亡くなる。
小三郎はこの第二次征長の役に関しては、「勝算がなく、負けるのは当然だ」と幕府に向かって堂々と主張し、幕政改革
の必要性を説いている。こうした主張で各藩が赤松小三郎に注目するようになり、越前の松平春嶽は使いを出して小三郎
に建白書の提出を求めたのである。
その建白書が「御改正之一二端奉申上候口上書」である。
小三郎の主張は天皇家と幕府を合体させて平和的な政権を作るという意味の「天幕一和」であった。
日本人同士が争う愚かさを説き、幕府に大政奉還させて、平和的に新体制に移行させる思想を遂行することであった。
一方、薩摩藩では武力で持って王政復古の断行が決議され、それを実行するには倒幕の密勅を得る事が必要と固ま
っていた。従って小三郎の「天幕一和」は、薩摩藩が一丸となって進めようとしていた武力による討幕の思想に反する
のである。
「明治憲法」では、陸海軍は、議会や政府の統制から逃れて、天皇に直接統帥されることになっていた。この「統帥権」
は、実際のところは、「天皇」を名目にしつつ、薩長の軍閥が国家を恣意的にコントロールしようという利己的欲望に基
づいて設けられたのであろう。
薩摩藩の何が何でも倒幕の意向を貫くためには小三郎の存在そのものも、邪魔だったのであった。

慶応２年（1866）より、京都に居を移し、私塾「宇宙堂」を開き、英国式兵学を教える。
門下生には、薩摩・肥後・会津・越前・大垣などの各藩士から新選組の隊士までが含まれており、後の戊辰戦役の
幕府軍側や相まみえる倒幕側の藩士が呉越　同舟状態で学んでいた。
文久3年(1863)薩摩藩は諸藩を凌駕する勢いで軍の近代化を進めていたが薩英戦争で欧米列強との間に格段の差が
あることを思い知らされた。
そんな背景から、英国の近代軍備を学ぶため慶応3年（1867）薩摩藩は京都の薩摩藩邸で小三郎を兵学教授として
招き、英国式兵学塾を開講した。門下生には、後の大日本帝国陸軍の少将になった篠原国幹や日露戦争で活躍した
元帥海軍大将・東郷平八郎、元帥陸軍大将の野津道貫、幕末期では人斬り半次郎と呼ばれ、維新以降も軍の幹部
となった中村半次郎らの薩摩藩の次世代を担う人物が居た。
門下生は約８００人に及び、英国式兵学を学び、藩士たちの練兵も行い、薩摩藩の兵制を蘭式から英式へと改変す
るのに指導的役割を果たした。　　　　　