「弥次右衛門」が自害した翌日、彰義隊臥竜隊隊長「間宮金八郎」が数百人の脱走人と八王子に現れ、周辺の寺に泊まり込み
千人隊に彰義隊の参加を呼びかける。
彼らは宿場の入り口に新政府軍が立てた「天朝御領」の立て札を倒し、宿の東西に門を設け、西国の武士と見れば刀を取り
上げ、髪を切り、一般人を含め厳しく取り調べるなど抗戦の勢いは益々エスカレートしていく。
こうして動員された千人隊士と旧幕府歩兵など臥竜隊は約300人に及んだと言われ御霊屋警備についた。こうして直参、佐幕派
諸藩の脱走者、浪人とあつまり、彰義隊全体では2000～2500人と言われている。
5月15日、アームストロング砲など近代装備された東征軍に対して彰義隊は良く戦ったが、会津の援軍と偽った一軍に騙され、
彰義隊は総崩れとなり、彰義隊は破れる。彰義隊の戦死は300余名と言われるが、「間宮」も戦死する。
こうして千人隊の抗戦派も戦死、或いは逃亡四散し、事実上の幕引きを迎える。

旧「黒門」は円通寺にある。上野戦争での彰義隊の遺体266を上野で火葬し、当寺に集骨し、法要した。その因縁で旧「黒門」は
帝室博物館から明治40年、当寺に収容された。大小夥しい数の弾痕が貫通している姿に、当時の激しい戦いの様子が伝わってくる。