文久2年(1862)閏8月松平容保は京都守護職を任じられた。
12月9日、一行は江戸を出発し陸路京に向かう。24日京に入り、三条大橋で町奉行に出迎えられる。
容保は本禅寺で旅装を解き、礼服(麻裃)に改め、大勢の藩士を従え東山の山裾金戒光明寺に入った。
この行列を見ようと集まった京の町衆は蹴上（けあげ）から黒谷まで、両側びっしりと隙間なく並び馬上の容保を
見上げる行列は一里を超えたと言われている。

約四万坪の大きな寺域により一千名の軍隊が駐屯できた。
本陣といっても戦国時代の野戦とは違い野宿ではなくきちんとした宿舎が必要であった。黒谷には大小五十二
の宿坊があり駐屯の為に大方丈及び宿坊二十五ヶ寺を寄宿のため明け渡したという文書が残されている。

新選組と会津藩の関係は、幕府が文久二年将軍上洛警備のため浪士組を結成したことに始まる。
文久3年(1863)2月清河八郎率いる浪士組は京へ到着したが、清河は朝廷の為に働くと、生麦事件などの理由で
江戸に帰ってしまう。
近藤勇・土方らは、水戸浪士芹沢鴨等とともに浪士組当初の予定通り、将軍警護で京都残留を希望し、嘆願書を
守護職に提出、同12日京都守護職御預かりとなった。
16日には近藤・芹沢等は黒谷金戒光明寺で京都守護職松平容保に拝謁(はいえつ)がかなった。
『新選組』の命名とともに市中取締の命を受け、都大路を縦横無尽に走り廻り治安は目立って回復し、新選組の名
前を広めた。新選組の壬生の屯所と黒谷本陣との間では報告・伝達が毎日のように行われていた。
近藤・土方・沖田などなどの隊士達が京の治安維持に黒谷の松平容保公との熱い絆が生まれていくのである。

山門は室町時代の応仁元年(1467)に始まり10年続いた「応仁の乱」で消失しており、時代を越えて歴史の檜舞台として
輝いていたのである。大名が争い、九州など一部の地方を除く全国に拡大し、乱の影響で幕府や守護大名の衰退が加
速化し、戦国時代に突入するきっかけとなった。
山門は万延元年(1860)再建され、類まれな勇壮壮大に構えている。京都守護職として会津藩主松平容保は大勢の藩士
を従え、この門を潜ったのである。
山門の正面には後小松天皇の筆による「浄土真宗最初門」と勅額が掲げられている。天井に「幡龍図」が見事な絵姿で
出迎えてくれる。
会津藩士たちは山門に登り、欄干から市街の様子を俯瞰し、見張り、物見櫓(やぐら)の役割を果たしていた。