新選組の武術は天然理心流である。新選組誕生前に、嘉永2年(1849)の日野宿の火事で起きた事件から、自ら身
を守る武術に目覚め、武士以外の名主層から宿に広まった。高幡山の有力な信徒である土方家の歳三もその門弟
の一人である。日野宿で流行り、多くの門弟が生まれた天然理心流であったが、山を控えた天然立地や空き地など
の空間が格好の練習場となり高幡山の境内や裏山で戦闘訓練を行った。
毎月28日が不動尊の縁日に「お日待」が境内で行われていたが、天然理心流の若い剣士達の乱暴で中止になった
こともあったと伝えられる。

高幡に残っている歳三の手紙は総代の平家に託された手紙である。鳥羽伏見の戦い前に「高幡山貴僧へよろしくご
鶴声願い奉り候、まず申し上げたきことは斯(か)くの如きにござ候・・・」と、今度の戦いでもしものことがあったときには、
というようなことを書いている。
土方家も総代格であるから、お寺に直接手紙を送っていいはずなのに、わざわざ一回総代さんの所を通して持ってくる。
鳥羽伏見の戦いが、何らかの影響を危惧し、高幡のお寺に、迷惑があってはならないと言う配慮があったと思われる。

土方歳三は流山、板橋まで近藤勇を立て、黒子役に徹しており、尊攘派に憎まれていた。以後の土方は人物的に
高く評価されていた。函館では榎本武揚、松平太郎、大鳥圭介と並んで土方公と呼ばれて尊敬を集めている。
また陸軍奉行並(陸軍次官)で函館市中取締・裁判局頭取を兼務している。多摩の郷士出身にすぎない歳三がこれ
だけ評価されるのは彼が人物的に如何に大きかったを意味している。

剣術用革製胴日野宿問屋(日野本郷名主兼帯)の佐藤芳三郎(上佐藤)用のものと伝えられる。佐藤家の家紋源氏
車が入っている。

佐藤彦五郎使用の木刀。天然理心流では実刀に近い重さの木刀を遣い、実戦に近い形の稽古を積んでいた。