元治元年6月民間人を装う古高俊太郎を逮捕し、京に火をつけ騒動の計画を察知し、三条の池田屋を襲撃し、古高の属
する党の者と戦い、7人を斬り、23人を捕らえる。
同年7月禁門の変で長州兵が攻める上がるのを幕府側は守り撃退する。「昌宣」と「義豊」は会津藩と天王山を攻撃し
撃退し、長州の別動隊の隊長真木和泉以下が果てる。幕府はこれらの功績に幹部取り立てを図ったが辞退する。

前年の8月18日の政変で京都を追放された長州藩は池田屋事件の報が入ると2000人の兵を上洛させ、7月19日禁門の変(蛤御門
の変)を起こしている。長州藩は各所に布陣していたが、御所西側の中立売、蛤、下立売の各門に攻め寄せ、門を守備する会津藩
桑名藩の藩兵と激突するが、途中で薩摩藩兵が駆けつけ長州藩兵は敗退する。この戦いで軍を率い、急進的な久坂玄端や真木
和泉など中核を失い長州藩の勢力は大きく後退する。

古高俊太郎の自白により、会合が行われることが察知され、新選組は直ちに隊士を二分し、近藤勇の一隊は三条小橋際の
池田屋へ、土方歳三の一隊は四国屋へ向かった。池田屋で近藤勇、沖田総司、永倉新八、藤堂平助、近藤周平(勇養子)
一行は二階で会合中の20数名の浪士と乱闘となった。後に土方ら一隊も加勢し、更に京都守護職、京都所司代の兵も加わ
り池田屋を包囲し、浪士を壊滅させた。攘夷派の中心人物であった長州の吉田稔麿(としまろ)等が亡くなり、これにより新選
組の名は全国に知られる様になった。

鬼副長と言われた土方は苛烈極まりない取り調べを行った。
古高俊太郎を名乗った人物は拷問をかけると、自白し、騒動の計画が明らかにされた。古高の家に出入りの10名は長州人で、
土蔵には御所を焼き払う際の道具が発見された。結構日は6月22日頃、強風の日に火を放ち、孝明天皇を奪って、山口城へ連
れ去る謀叛で、策をめぐらすため長州の志士たちは身を変じて四条当たりの町屋に隠れて居るという。

池田屋事件後、隊士も増え一番勢いのある時期であった。京都の治安維持は続けられたが、時代と共に世の中が大きく変って
ゆき、、一次、二次にわたる長州征伐が失敗し、財政的にも重荷となり幕府の権威は衰えてゆく。そんな背景の中、慶応2年(1866)
正月、薩長同盟が結ばれ、倒幕が徐々に高まっていく。
第二次長州征伐中の幕府側は奇兵隊の長州側に対して、武装、闘争心とも劣り、征長も進まぬまま、将軍家茂が大坂城で亡くなり
征長軍は撤収を図る。

慶応2年家茂公が亡くなり、慶喜公が15代将軍を継ぐ。
慶応3年10月慶喜公は将軍職を辞任し、大政奉還する。

幕府は家茂の死去に寄り、１５代将軍は一橋慶喜が継ぐ。土佐藩は幕府の威信低下と薩長による倒幕運動の高まりで、自藩の活路
を見いだすため武力によらない政権移譲の大政奉還を推進する。こうして慶喜公は在京諸藩の重臣を二条城に招集し建白書の主旨
に同意を求め、政権返上する。しかしその裏では岩倉具視ら倒幕派の策動で薩長に倒幕の密勅が発給されていた。