長州過激派による倒幕活動は京都に攻め上り失敗し一度挫折し、長州征伐が行われるが、
その間幕府の権威が目に見えて失墜する。
慶応2年(1866)薩長同盟がが成立し、倒幕運動が雄藩連合で勢いを増し、幕府滅亡の流れ
に傾いていく。そんな背景から徳川慶喜は不遇を囲っていた勝海舟を登城させ、軍艦奉行に
任じ、小栗の運命が大きく変わってゆく。
この時点で小栗の幕府を中核とする新政府作りに対して、勝は徳川家が自ら政権を譲り、国
政に力量のあるものに政権を担当すべきと真っ向から対立している。
幕府の第２次長州征伐が失敗し、徳川慶喜が鳥羽伏見の戦いに破れ、将兵を残し、開陽丸で
大阪から江戸に逃げ帰ってしまう。徳川慶喜追討令が出され、勢いを増す東征軍が江戸城に
迫る中、慶喜は、幕府軍の全権を勝海舟に一任し、恭順蟄居する。
江戸城の内外から抗戦論と恭順論に割れるが、慶喜の恭順の判断により抗戦派の一人小栗は
罷免されてしまう。

慶応4年小栗は駿河台の邸を払って、上野国群馬郡権田村(現高崎市倉淵町)へ引
き揚げ、第一線の政治の舞台から完全に離れる。
朝廷軍に帰順して一旦許されたが、土地の博徒を捕らえたため、博徒との間に紛争を
生じ、新政府軍に捕まり、審判のないまま烏川(からすがわ)の水沼河原で斬首された。
享年42歳であった。
早くから開港論者の一人となり、当時としては進歩的な幕臣で幕府内で主流派の位置で
幕藩体制を支え、権力の中枢に居たが、維新の渦の中で、一気に悲憤な死を遂げた。

慶応2年(1866)坂本竜馬らにより倒幕を目標に「薩長同盟」を締結する。第２次長州征伐に
火蓋が切られる。薩摩藩が出兵拒否するなど、第２次長州征伐では幕府軍を圧倒する。第
２次長州征伐の敗北に加え、14代将軍家茂公が病死し、一橋慶喜が跡継ぎする。
幕府権力が衰退する中で、同年5月幕府は一旦見切った海舟を、軍艦奉行に再度復帰させる。