4)新政府が樹立後総裁に就任
慶応3年（1867）1月に明治天皇が天子の位を受け継ぐと、幟仁親王・熾仁親王父子は許されて謹慎を解かれた。
この頃から再び勤王派の志士が、倒幕完遂の旗印に担ぎ出すべく有栖川宮家に接近を図っている。
当主である父・幟仁親王は謹慎解除後の政治活動を自粛したが、明治天皇の信任と倒幕派の人望が篤い熾仁親王は、
新政府が樹立され総裁・議定・参与の三職が新たに設けられると、そのうちの最高職である総裁に就任する。

5)東征大総督
その直後の慶応4年（1868）、幕府軍はついに官軍に矢を向け（鳥羽・伏見の戦い）、ここに戊辰戦争が勃発するが、この
とき賊軍の首領された徳川慶喜は、熾仁親王にとって父・幟仁親王の従弟であった。
そのため、熾仁親王は血縁者が朝敵となった事を恥じて自ら東征大総督となる事を志願し、勅許を得た。

有栖川家六代の織仁親王の娘「吉子」は徳川斎昭に
嫁いだ。
斎昭との間に生れた子供の一人に慶喜がいる。
慶喜は有栖川家八代の幟仁親王の義弟に当たる。

6)江戸開城
東海道において官軍は一度の戦闘もなく江戸に到着し、4月11日（新暦5月3日）江戸城は無血のうちに開城される。
江戸到着直後に太政官制度が発足し三職は廃され、熾仁親王の総裁職は解かれた。

7)軍人の姿で生涯を閉じる
明治になり欧州を視察、兵部卿、福岡藩知事（後に福岡県知事・県令）に元老院議長を歴任。
明治10年（1877年）の西南戦争では征討大総督に就任し、西郷隆盛と対峙し、その功により、同年10月陸軍大将に
任命される。
明治27年（1894年）に勃発した日清戦争では陸海軍の総司令官として広島大本営に下るが、腸チフス（このときは
マラリアと診断された）を発症し61歳で没する。

以上、皇室に身を置きながら、反幕府・尊王攘夷派の先鋒となり、幕末の激動の渦に入っていく波瀾の生涯であった。